Manuel da Nóbrega nasceu em 1517, na região do Minho, em Portugal. Estudou nas Universidades de Salamanca e Coimbra, formando-se em 1541. Em 1544, entrou para a Companhia de Jesus, recebendo a incumbência de chefiar a primeira missão jesuítica ao Brasil, em 1549. Neste mesmo ano, chegou à Bahia, junto com o primeiro Governador-Geral, colaborando na fundação de Salvador. Seu trabalho de catequização dos índios gerou insatisfações nos colonos que queriam somente escravizá-los. Em 1552, desentendeu-se com o bispo, deixou Salvador e partiu para São Vicente, onde, em 1553, fundou o Colégio São Paulo, na aldeia de Piratininga, lançando as bases para a futura cidade de São Paulo. Em 1553, conseguiu que o governo de Mem de Sá aprovasse várias leis a favor dos índios. Em 1555, lutou, ao lado de Estácio de Sá, pela expulsão dos franceses da Baía da Guanabara. Participou da fundação da Cidade de São Sebastião do Rio de Janeiro e da construção do Colégio dos Jesuítas, que ficou sob sua direção. Faleceu em 1570.

Inicialmente, a escola recebeu o nome de Paraguay e, somente, em 1941, foi denominada Padre Manoel da Nóbrega.
Em 1963, o prédio foi demolido para construção de uma nova escola de arquitetura moderna do “tipo econômica”. Reinaugurada em 1963, na gestão do Governador Carlos Lacerda e do Secretário de Educação Flexa Ribeiro.
Ocupa o mesmo terreno da Escola Walt Disney.