João Baptista da Silva Pereira nasceu em Porto Alegre, Rio Grande do Sul, em 20 de março de 1866. Aos 15 anos de idade, veio para o Rio de Janeiro, onde recebeu do Imperador uma bolsa de estudo no Colégio D. Pedro II. Formado professor, exerceu os cargos de Inspetor de Ensino em diversas regiões da Cidade do Rio de Janeiro. Fundou a revista “Escola Primária”, com Cesário Alvim e Fábio Luz. Aposentou-se em 1926, e faleceu em 30 de agosto do mesmo ano.

O prédio da atual Escola Municipal Baptista Pereira foi alugado pela Prefeitura do Distrito Federal em 1937, para receber turmas da Escola Affonso Penna que estava em reforma. A partir de 22 de março de 1938, a Escola passou a chamar-se Baptista Pereira.