Pedro Ernesto nasceu em Recife, em 1884. Em 1908, mudou-se para o Rio de janeiro, onde se formou na faculdade de medicina. Cirurgião famoso, conspirou contra o Governo Federal, na década de 20, como simpatizante dos "tenentes". Em 1930, apoiou Getúlio Vargas à Presidência da República e o movimento político-militar que derrubou Washington Luís. Foi médico particular de Vargas e de sua família.
Nomeado interventor no Distrito Federal, em setembro de 1931, fundou o Partido Socialista Brasileiro e, em 1933, o Partido Autonomista do Distrito Federal, que, sob sua liderança, venceu as eleições de 1934, e o elegeu, indiretamente, para Prefeito do Rio de Janeiro. Simpatizante da ALN - Aliança Libertadora Nacional, denunciado como participante da insurreição comunista de 1935, no ano seguinte, foi preso e afastado da Prefeitura. Libertado em 1937, apoiou Armando Sales de Oliveira para Presidente da República e, com o fechamento do Congresso e a decretação do Estado Novo, foi preso novamente. Depois de sua libertação, abandonou a política.
Faleceu em 1942, no Rio de Janeiro.

 A Escola Municipal Pedro Ernesto  é uma das Escolas Tipo Platoon de Anísio Teixeira.