Localizada na antiga Rua da Harmonia, atualmente Rua Pedro Ernesto, na Gamboa, a Escola foi construída com recursos doados por particulares, sendo inaugurada em 14 de março de 1877 e ficando conhecida como Escola José Bonifácio, nome do “Patriarca da Independência”.

Durante o governo de Carlos Lacerda (1961/1966), o prédio funcionou como Ginásio Estadual José Bonifácio, até 1965. A partir de 1977, ele passou a ser ocupado pela Biblioteca Regional da Gamboa. Hoje, o prédio da antiga Escola da Freguesia de Santa Rita é ocupado pelo Centro Cultural José Bonifácio, da Secretaria das Culturas da Prefeitura da Cidade do Rio de Janeiro