O prédio, onde hoje funciona a escola, foi inaugurado em 1892, com três salas de aula para meninos e meninas. Em 1906, a Prefeitura do Distrito Federal adquiriu o prédio e no ano seguinte, após algumas reformas, foi inaugurada a Escola Inhaúma. Em 1909, após a demolição da fachada antiga e conclusão das reformas iniciadas em 1908, a Escola foi reinaugurada com o nome de Barão de Macahubas.

O nome da escola é uma homenagem a Abílio César Borges, o Barão de Macahubas, médico e educador que muito contribuiu para a reformulação da educação brasileira no século XIX. Entre suas propostas, destacam-se o incentivo para se amar a escola, a abolição dos castigos físicos impostos aos alunos e a luta pelo uso do livro texto.