O prédio da escola, em estilo neoclássico, parece ter sido construído como residência. É o que se pode depreender da escritura lavrada em 1909, na qual a municipalidade adquiriu o prédio pertencente ao Marechal Firmino Pires Pereira e sua mulher.

Em 12 de dezembro de 1910, na administração do Prefeito Bento Ribeiro, a escola foi inaugurada. Na administração do Prefeito Carlos de Oliveira Sampaio (1920/1922) sofreu um acréscimo de dois pavimentos, ligados ao prédio original.

O nome da escola é uma homenagem a Nilo Procópio Peçanha, destacado parlamentar fluminense, que assumiu a Presidência da República por dezessete meses (14 de junho de 1909 a 15 de novembro de 1910), em decorrência do falecimento do Presidente Affonso Penna, de quem era vice-presidente.