A escola foi inaugurada na administração do Governador Carlos Lacerda, período em que o Município do Rio de Janeiro foi Estado da Guanabara.

Localizada em plena zona sul, ao lado do Parque Peter Pan, A Escola Municipal Penedo foi construída com o objetivo de oferecer serviços educacionais às diversas comunidades que fazem parte do bairro de Copacabana.

A pessoa que doou o terreno, onde foi construída a escola pública, só fez uma exigência: o estabelecimento deveria receber o nome de sua terra natal, Penedo, localizada no Estado de Alagoas, às margens do Rio São Francisco. Cidade histórica, guarda um patrimônio artístico-cultural, marcando a presença de colonizadores portugueses, holandeses e de missionários franciscanos, fato constatado na arquitetura barroca de conventos e igrejas.